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分子ソフト&インフォマティクス
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分子モデリング・
シミュレーションソフトウェア
Discovery Studio

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Discovery Studio 研究用途別パッケージ

最先端の研究を支援する幅広い製品の中から、
用途に合わせて最適なソフトウェアをパッケージしました。

DS Standard Base

シミュレーション、ドッキングを行うための基本的な構成です。非常に信頼性の高いCHARMmシミュレーションエンジンと組み合わせ、DNAやポリペプチドの構築、タンパク質のシミュレーションの実行とトラジェクトリーの解析、低分子とのドッキングシミュレーションを行うことができます。2D描画ツールもバンドルされています。

DS Standard Baseパッケージには、下記のモジュールが含まれます。

DS Standalone

ビジュアライゼーションユーザインターフェース

DS BioPolymer

生体高分子モデリング

DS CHARMm

分子動力学計算

DS MMFF

Merck Molecular力場を使用したエネルギー計算

DS Analysis

トラジェクトリファイルの解析、可視化

DS Protein Refine

タンパク質構造のループ領域を最適化

DS Catalyst Score

化合物の予測フィット値あるいは活性値を算出

DS Catalyst Conformation

リガンドのコンフォメーション発生

AccelrysDraw Entreprise

2D描画ツール

DS Standard LigandDesign(DS Standard Base+ファーマコフォア+毒性+QSAR)

ファーマコフォア(薬理活性集団)モデリングおよび3Dデータベース解析として、既知の活性リガンドからファーマコフォアモデルを作成し、数十万~数百万件の化合物DB から検索が可能。毒性予測や構造活性相関モデルの構築ができます。

DS Standard Baseに加え、下記のモジュールをパッケージ。

DS CATALYST DB BUILD

ファーマコフォアモデルの検索に利用する3D 化合物データベース構築

DS CATALYST DB SEARCH

ファーマコフォアモデルの指定された3D 形状、部分構造を含むクエリなどを用いてデータベース検索

DS CATALYST HYPOTHESIS

定性的または定量的なファーマコフォアモデルを自動的に作成し、ターゲットの化学的、構造的特性を識別

DS CATALYST SBP

タンパク質活性部位の構造よりファーマコフォアモデルを作成

DS CATALYST SHAPE

受容体の活性サイトによる三次元の空間的制約を満たす化合物を導く、データベース検索より同様の形状をもつ分子を具体的な化学構造に関係なく特定

DS DE NOVO LIGAND BUILDER

ファーマコフォアを使いフラグメントの配置を導き出し、タンパク質の活性サイトを補完

DS LIBRARY DESIGN

化学ライブラリ設計に特化した、類似性と多様性とを兼ね備えた完全なクラスタリング手法を備えたツール

DS QSAR+

活性と相関関係にある多数の分子記述子にアクセスし、ベイジアンモデル、重回帰、GFA などのモデリングを利用

DS ADMET

体内における吸収、分布、代謝、排出、および毒性等の薬物体内動態を予測

DS TOPKAT

化合物の構造情報のみから毒性および環境への影響を予測

お気軽にお問い合わせください

DS Standard SBD(DS Standard Base+ファーマコフォア+ドッキング+denovo)

タンパク質と低分子化合物とのドッキングにご利用を頂けます。

  • ハイスループットドッキング:数百~数千の低分子化合物ライブラリに対して、高速にドッキングシミュレーションを行います。
  • フレキシブルドッキング:側鎖のフレキシビリティを考慮してドッキングを行うことが可能。全自動でフレキシブルドッキングを数十から数百のドッキングをカバー。
  • De novo アルゴリズムにより全く新規の活性化合物を自動的に構築

DS Standard Baseに加え、下記のモジュールをパッケージ。

DS CATALYST DB BUILD

ファーマコフォアモデルの検索に利用する3D 化合物データベース構築

DS CATALYST DB SEARCH

ファーマコフォアモデルの指定された3D 形状、部分構造を含むクエリなどを用いてデータベース検索

DS CATALYST HYPOTHESIS

定性的または定量的なファーマコフォアモデルを自動的に作成し、ターゲットの化学的、構造的特性を識別

DS CATALYST SBP

タンパク質活性部位の構造よりファーマコフォアモデルを作成

DS CATALYST SHAPE

受容体の活性サイトによる三次元の空間的制約を満たす化合物を導く、データベース検索より同様の形状をもつ分子を具体的な化学構造に関係なく特定

DS CFFH

DNA、RNA、炭水化物、脂質、タンパク質、ペプチド、低分子などの高精度パラメータ

DS DE NOVO EVOLUTION

フラグメントを連結させたり構築したりすることにより新薬になりうる分子を作成

DS DE NOVO LIGAND BUILDER

ファーマコフォアを使いフラグメントの配置を導き出し、タンパク質の活性サイトを補完

DS FLEXIBLE DOCKING

活性サイト内の側鎖の低エネルギーコンフォメーションの影響を考慮したドッキング

DS LIBDOCK

受容体の結合サイトの極性/ 無極性(ホットスポット)を使用する効率のよいドッキング

DS LIGANDFIT

結合部位の自動検索、リガンドの高速ドッキング

DS LIGANDSCORE

様々な物性値を含むリガンドスコアを算出

DS LUDI

結合部位の構造を基にしたリガンドのDe Novoデザイン

DS MCSS

Multiple Copy Simultaneous Search アルゴリズム。結合領域で相互作用を持つ官能基の位置と方向を生成

DS Standard Protein

ホモロジーモデリングを行うためのモジュール群を装備してます。BLAST によるテンプレートファイルの検索から自動ホモロジーモデリング、作成された構造の評価を行うことができます。
X 結晶データから分子構造モデルを作成し、CNX/CNS 形式(.map) で結晶構造の電子密度マップを作成します。

DS Standard Baseに加え、下記のモジュールをパッケージ。

DS MODELER

自動ホモロジーモデリング、ループのモデリング、アミノ酸配列の構造に対するアライメントを行う

DS PROTEIN DOCKING

ZDOCK アルゴリズムを用いたタンパク-タンパクドッキング

DS PROTEIN FAMILIES

進化系統樹を用いたタンパクの機能解析

DS PROTEIN HEALTH

Profiles-3D を使用したタンパク質構造の評価

DS SEQUENCE ANALYSIS

ターゲットシーケンスの類似タンパク質データベース検索

DS X-RAY

X 線データからの分子構造モデル、CNX を利用した電子密度マップの作成

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