分子シミュレーション＆インフォマティクス 用語解説
クラスタ [くらすた] [cluster]
クラスタとはブドウなどの果実や花の房のことで、ブドウの粒のような個が連携した集合体の呼称。化学分野では、原子や分子が数個から数千個程度集まったものを指す。金属結合や共有結合などの強い化学結合で形成された安定なクラスタは、ナノテクノロジーの構成材料として注目されている。管状構造のカーボンナノチューブなど様々なナノサイズの炭素素材が研究されている。一方、ファンデルワールス力や水素結合といった弱い結合で構成されたクラスターは、溶液の局所構造やDNA対などのモデルとして重要。
- 「クラスタ」に関連する分子シミュレーションソフト
Conformers: 分子のポテンシャルエネルギー表面を簡単に探索
DS Analysis: MDトラジェクトリを解析
DS Catalyst SBP: 創薬プロセスのごく初期の段階で副作用の可能性を把握可能
DS Flexible Dockin: 正確な受容体サンプリングと、効率よい特性ベースのドッキングを組み合わせ
DS LibDock: 受容体の結合サイトの極性/無極性を使用し、効率のよいドッキングを実行
DS Library Design: 化学ライブラリ設計に特化した、クラスタリング手法を備えたツール群
DS LigandFit: リガンドコンフォーマのサンプリングと、リガンドと結合サイトの形状に基づくドッキングを実行
DS LigandScore: リガンド-タンパク質の相互作用を評価
DS Protein Docking: タンパク質-タンパク質構造の相互作用を予測
DS Protein Families: タンパク質ファミリーでの配列保持パターンを解析
DS Sequence Analysis: 対象になる配列と既知タンパク質の配列を比較
ONETEP: 大規模系計算用の量子力学ベースのプログラム
QMERA: 量子力学計算と分子力学計算のハイブリッド法によるシミュレーションツール