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Motif

分子結晶における水素結合トポロジの情報を分析

Motifの機能

Motifとケンブリッジ結晶構造データベース(CSD) とのインターフェース[1]は、CambridgeCrystallographic Data Centre(CCDC)のMercury機能[2]を利用しています。Motifは、類似の構成を持つ分子が類似の結合様式に結晶化し、新しい構造となるか、という重要な問題に答えを出すものです。Motifでは、分子結晶の分子間結合に関する情報を抽出することと、この情報を既知の構造のものと比較することの、2つの主要なワークフローをサポートしています。
最初のワークフローでは、あらかじめ定義されたコンタクトポイント(通常はアクセプタ/ドナーまたはイオンコンタクト)を使用して、リング、無限および有限連鎖、不連続なモチーフ、および分子間コンタクトなどの結合モチーフを検索します。
2番目のワークフローでは、ケンブリッジ結晶構造データベース(CSD)に対し、類似または関連構造とその結合モチーフに関する検索を行います。Motifでは、類似性測定(Tanimoto係数に基づく)を利用し、CSDの結合モチーフと分析された構造の結合モチーフが一致しているかどうかを評価します。その結果、類似性のスコアが分析された構造に割り当てられます。このため、提案された新しい多形を、類似分子構造を持つ既知の構造と統計的に比較できます。

Motifの活用方法

Motif は結晶工学の取り組みを支援するために設計されたツールです。Polymorph (Accelryの結晶パッキング予測ツール)とMotifを一緒に使用すると、さらなる分析やランキング機能が利用できます。Polymorphのパッキング予測に対し、Motifの統計的なランキング/スコアリングによって、Polymorphの結果に対する信頼性をより高めることができます。さらにこの分類によって、結晶工学的な取り組み(たとえば、選択的結晶化戦略[3])の際に利用できる価値ある知識を得ることができます。

Motifの特長

水素結合トポロジ(モチーフ)の検索は、対話形式で設定する方法で行うことができ、可能性のあるモチーフの部類、水素結合、ドナーおよびアクセプタ部位に含まれる官能基の化学的な情報をCSDに送ることができるクエリに変換します。


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