構造解析が速く容易に
多くの時間と労力を要する初期モデル構築において、分子グラフィックス分析プログラムQUANTAは、複数の計算プロセスを一貫したインターフェースで処理。立体構造モデルの構築を一元化し、速く容易に実行します。
 
精密化計算も高速処理
構造精密化計算ソフトウェアのCNXは、位相決定から構造およびマップの精密化を高速に処理。任意のジョブを複数のマシンを振り分けた場合も、一台のマシンのように一括して管理できます。
低精度のデータにも柔軟に対応
基礎データの精度許容範囲にゆとりがあるため、多少のブレなどを生じた精度の劣るX線画像も解析が可能。構築されたモデル構造に対して結果評価を行うためのチェックツールもパッケージしています。
Modeling X-ray Moduleは、従来QUANTAによりSGI上で行っていたX線結晶解析の作業を、WindowsベースのデスクトップPCで実現可能にしました。
構造の電子密度へのフィッティングや精密化計算を行うためのQUANTA/CNXの各モジュールが移植されています。
- 各プルダウンメニューやツールバーアイコンで操作することができます。
- 3Dポインターによる分子表示操作
- 各モジュール（XBUILD、 XLIGAND、 CNX X-ray）を使用することにより、様々なＸ線構造決定の作業（構造の電子密度へのフィッティング、構造精密化計算、電子密度マップ計算）を簡便に実行できます。
- Project KMでデータを保存、管理することで、他のDSモジュールとデータを共有できます。
 
タンパク質X線構造解析の流れ
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お問い合わせ
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コンピュータケミストリ
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QUANTA
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 必要なシステム条件
主な機能
・適切な分子の作成、分子エレメントの分割が簡単に可能
・MAD、MIR、SIR、電子密度マップから二次構造を自動的に定義することで、X線構造の決定を加速。マップから計算した二次構造要素に従ってベクトルを配置しCαに変換
・電子密度マップへCαを自動的にトレース。マップの概形化、Cαトレーシング、シーケンスアライメント、初期座標置換における自動化や独自手法による時間短縮を実現
・電子密度マップから分子座標を生成。モデル構築の各過程で最適なアルゴリズムを使用し、効率的に電子密度フィッティングができます
・電子密度マップに対し、水分子を自動的に配置
・電子密度マップからリガンド分子を設計。すばやくコンフォメーションをサンプリングできます
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CNX X-ray
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必要なシステム条件
主な計算方法
・MAD、MIR、SIR法で得られた反射データから位相を決定
・Maximum Likelihood Targets（最大推定法）
・adopted basis Newton-Raphsonエネルギーミニマイゼーション
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Modeling X-ray Module
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必要なシステム条件
主な機能
XBUILD
・Real-Space Refinementによる主鎖、側鎖の電子密度マップへの高速フィッティング
・Monte-Calro Refinementによるループフィッティング
・ジオメトリー修正の高速実行
・インタラクティブな原子移動操作
・アミノ酸変異、複数コンフォメーション操作メニュー
・不完全な残基の再構築
・原子種、ジオメトリーなどの手動修正
XLIGAND
・電子密度の自動認識
・リガンド分子の配置と精密化に対する新しい手法を採用
・CNX用トポロジーファイルの自動セッティング
CNX X-ray
・精密化計算、電子密度マップ計算、構造評価計算などの実行メニュー
・各設定はウィザードを使用
その他
・Ramachandran Mapウィンドウによるタンパク質構造のチェック
・3D Pointerによる構造表示操作の制御、画面へのテキスト挿入
・Map Management Tableによる電子密度マップ表示の操作
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HT-XPIPE
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HT-XPIPE 詳細
特徴
・Ｘ線構造解析の各ステップを１つのパイプラインに組み込むことにより完全自動化を実現
・複数のＸ線データを同時に計算可能
・十分に検証されたリガンドフィッティング法
・ウィザード入力形式により設定が容易
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関連情報
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