HTXPIPEはタンパク質-リガンド複合体のＸ線結晶構造解析を完全に自動化するためのハイスループットＸ線解析用のDS-Modelingアプリケーションです。 HTXPIPEの結晶構造決定ステップは、分子置換法、リガンド分子フィッティング、水分子ピッキング、各段階の構造精密化および電子密度マップ計算から成る複数のプロトコルが１つのパイプラインで制御されています。また、複数のデータを同時に計算できるために時間の有効利用が可能です。
特徴
- Ｘ線構造解析の各ステップを１つのパイプラインに組み込むことにより完全自動化を実現
- 複数のＸ線データを同時に計算可能
- 十分に検証されたリガンドフィッティング法
- ウィザード入力形式により設定が容易
ソフトウェア画面例 クリックすると、拡大画像がご覧いただけます
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コンピュータケミストリ
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HT-XPIPE
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 必要なシステム条件
各ステップ
Overall Protocol
全パイプラインの一般設定を実行
ログファイル、構造、電子密度マップの作成オプション
Data Set
1つのタンパク質に対して複数のリガンドのデータを設定できます
異なる空間群のモデルを設定できます
非対称単位注の分子数チェック
Molecular Replacement
分子置換検索モデルの詳細設定（全原子モデル、ポリアラニンモデル、Cα鎖モデル、あるいはそれらの切断モデル）
rotation検索における３種類のアルゴリズムの採用（Real-space、direct、 fast-direct rotation methods）
Translation検索におけるPatterson-Correlation (PC) refinementの採用
パッキング、相関係数、Ｒ値を基にした異なるスコアリング
Ligand Fitting
リガンドの電子密度を同定するための “sigma threshold”最適化オプション （これによってリガンドの体積と電子密度の大きさを合わせる）
リガンド結合部位を同定するための検索領域を定義するオプション （選択原子周辺をユーザー定義できます）
Water Picking
原子間距離（タンパク質-水分子、水分子-水分子）の設定
水素結合を考慮
構造注の水分子の数とB-factorの値を制限
Refinement Step
MLFとresidues refinement targetsの採用
精密化計算中のB-factorの設定オプション
エネルギー精密化計算のアルゴリズム（Powell、ABNR、LBFGS）
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