膜タンパクや巨大分子に
抗原と抗体、酵素と阻害物質、ホルモンとホルモンレセプターなど、生体内における重要な複合タンパクの知見を得る方法として実験的方法と同時にコンピュータシミュレーションが注目されています。ZDOCKproはボストン大学のZhiping Wengグループによって開発されたタンパク質−タンパク質ドッキングシミュレーションソフトウェアです。
剛体近似でのドッキングZDOCK
ZDOCKではタンパク質を剛体として取り扱います。各分子の回転角をオイラー角に制御し、FFT処理することで、結合部位予測を高速に精度よく実施できます。
構造最適化とスコアリングRDOCK
ZDOCKで得られた複合タンパクの構造を、CHARMmを用いて最適化します。さらに、静電相互作用エネルギーとACE脱溶媒和エネルギーに基づいて、結合構造をランキングします。
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マウスモノクローナル抗体Ｄ１．３（Solid Ribbon）とニワトリリゾチーム（赤、Ca Stick）のドッキング事例： CPKモデル（緑の点）はRDOCKの解の重心点（５００個）、紫の点はRDOCKのスコア上位１０個。
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Interleukin-1レセプターが21残基の消炎拮抗剤のペプチド(黄色)と結合している様子。ZDOCKproを用いて、1g0y(青色)複合タンパクの結晶構造を用いて、ZDOCKproによるシミュレーションで作成された。ドッキングによる複合物と結晶構造解析の結合部におけるずれは、RMSDで0.61Åだった。
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コンピュータケミストリ
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