Discovery Studio 2016

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過去バージョンの機能紹介一覧

リガンド結合エネルギーを精確に予測

• 創薬研究とは多目的最適化にほかなりません。研究者は生化学的有効性と、ADMEや毒性といった特性の両方について最適化を行わなければなりません。Discovery Studioの最新リリースでは、市場をリードするCHARMm分子シミュレーションエンジンに、引き続き新たなサイエンスを導入しています。BIOVIA Foundationを基盤としたDiscovery Studioは、ライフサイエンス研究分野における最も包括的かつコラボレーション性の高いモデリングおよびシミュレーションアプリケーションとして独自の地位を築いています。

Steered Molecular Dynamics

• 最新リリースのDiscovery Studio CHARMmは、CHARMM開発者コミュニティ メンバー2,3により学術的に開発、検証されたCHARMM AFM (Atomic Force Microscopy)機能を備えています。分子系に引力を与えることができ、リガンドの結合自由エネルギーの推定やリガンド解離プロセスでのコンフォメーションの詳細な研究、タンパク質のアンフォールディングまたはコンフォメーション変化の研究が可能になりました。また、Steered Molecular Dynamics (SMD)、Calculate Free Energy from Steering Forcesのプロトコルが追加され、タンパク質、またはタンパク質-リガンド複合体のシミュレーション中に系に外力を掛けられるようになりました。

コンフォメーションの最適化パフォーマンスが向上

• CHARMmに基づくリガンドコンフォメーション最適化処理が10倍以上高速化されました。Generate ConformationsやCalculate Binding Energiesなどのプロトコルでメリットが得られます。

CHARMm 力場の機能強化

• Assign Forcefield Types (Prototype)プロトコルの更新:ホスホセリン、ホスホチロシン、およびホスホトレオニンの修正プログラムが charmm36力場に追加され、これらの残基の原子タイプを適切にアサインできるようになりました。
• 原子の並び順がCHARMmにおける原子の順序と一致するようになり、後続のCHARMmシミュレーションタスクへの入力が可能になりました。

DMol3のパフォーマンスが大幅に向上

• メモリの使用とディスクへのアクセスに対する制御が改良され、パフォーマンスが向上しました。
• 新たに導入された並列スケーリングライブラリにより、マルチコア コンピュータでのパフォーマンスが大幅に向上しました。
• グリッド技術による大容量ストレージに対応するストレージ空間の並列化により、高度に並列化された状況で1コアあたりのメモリ使用量が大幅に削減されました。
• Tkatchenko-Scheffler分散力補正が拡張され、対応する周期表元素が増えました。

TopKat QMRFレポート

• すべてのTopKat毒性モデルがヨーロッパのJoint Research Center (JRC)に提出され、QSAR Modelレポート形式(QMRF)のドキュメントとして公開されました。