DS Protein Dockingを使用すると、新しい標的のタンパク質-タンパク質構造の相互作用を迅速かつ正確に予測することができます。幅広く知られているZDOCKアルゴリズムを使用して剛体ドッキングを迅速に行います。ZDOCKアルゴリズムでは、pair-wise 形状相補性関数を使ったFFTベース手法でドッキング構造を同定し、原子間の近接エネルギーに基づいたヒット率をスコアリングします。ZRANKスコアリング関数を使用して、ドッキングポーズの精度を高めます。RDOCKアルゴリズムを使用して、CHARMmエネルギーの極小化に依るドッキング結果の最適化、CHARMmエネルギーおよび脱溶媒和エネルギーによるポーズのスコアリングを実行できます。高度なクラスタリング手法を用いて、結果を絞り込み、ポーズを同定します。
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