コンピュータ上で行なうタンパク質の立体構造を予測する手法の一つ。相同なタンパク質(共通祖先を持つタンパク質)は相互に類似した立体構造を持つという経験則基づいており、立体構造が未知のタンパク質の構造を構築する場合、まずそれに相同で立体構造が決定されているタンパク質を探索し、次にその立体構造を鋳型 (テンプレート) として構造が未知のタンパク質の構造を構築し、さらに分子動力学法などにより構造を最適化する。
DS Biopolymer: タンパク質モデリングツール
DS CHARMm: 分子のエネルギーやダイナミクスを計算
DS MODELER: ホモロジーモデリングツール
DS Protein Refine: タンパク質構造のループ領域を最適化