分子ソフト&インフォマティクス
高精度で分子の構造最適化、電子状態計算を行う量子力学計算モジュールのパッケージです。化合物の反応経路の予測、スペクトルの予測、吸着分解のシミュレーション、バンド構造計算など多岐に渡るシミュレーションが可能です。
有機低分子向けの基本的な計算機能を集めたパッケージです。MM,MD計算のForcite plus、半経験MO計算のVAMP、力場パラメータCOMPASSも使えます。
MM,MD計算のForcite plus 、半経験MO計算のVAMPがご利用いただけます。分子バルクに最適化された力場パラメータCOMPASSも使えるので、有機低分子単独の計算だけでなく、集合体の計算にも精度の高い結果を提供します。
製品構成
Visualizer、 Forcite plus、 COMPASS、 VAMP、VAMP Interface周期境界条件を持つBOXの中にポリマーのアモルファス状態を発生させ、MM,MDなどを用いる事で有機合成ポリマーの様々な物性、安定構造や物質間の相互作用を予測できるパッケージです。
原子レベルの動きを計算予測する事でポリマーの物性をシミュレーションする事ができるパッケージ。
製品構成
Visualizer、 Amorphous cell、 Forcite plus、 COMPASS原子レベルの動きを計算予測する事でポリマーの物性をシミュレーションに加え、定量的構造物性相関(Quantitave Structure-Property Relationships; QSPRs)を用いた高分子の物性計算が可能です。
製品構成
Visualizer、 Amorphous cell、 Forcite plus、 COMPASS、 Synthia原子レベルの動きを計算予測する事でポリマーの物性をシミュレーションする事ができるパッケージです。 さらに、定量的構造物性相関(Quantitave Structure-Property Relationships; QSPRs)を用いて高分子の物性を計算できるSynthiaと、原子レベルの動きだけでは追いきれない、混合系の層分離の平衡化シミュレーションなどが行えるメソスケール計算モジュールも組み入れています。
製品構成
Visualizer、 Amorphous cell、 Forcite plus、 COMPASS、 Synthia、 Blends、DPD、 MesoDynパウダー結晶の回折の予測、Powder indexing、および結晶構造のリファイン等のツールを使い、結晶物質のモデルからX線、中性子、と電子粉末回折パターンを導き出すことができるパッケージです。
モデルの回折の予測を行う事ができます。無機化合物についてはRietveld法により実験データを再現する結晶構造を導き出す事も可能。
製品構成
Visualizer、Reflex、 X-Cell原無機化合物はもちろん、単分子の中にトーション回転などの自由度がある有機化合物の結晶構造も、実測したパウダーパターンを元に構築する事ができます。
製品構成
Visualizer、 ReflexPlus、 X-cell無機化合物はもちろん、単分子の中にトーション回転などの自由度がある有機化合物の結晶構造も、実測したパウダーパターンを元に構築する事ができます。さらに、結晶成長予測も可能です。
製品構成
MS Visualizer、 ReflexPlus、 X-cell、 Morphology結晶解析・結晶成長予測に加え、実測したパウダーパターンが無い場合でも有機化合物の結晶多形のパッキン部パターンの予測が行えます。
製品構成
Visualizer、Reflex、 X-Cell、 Polymorph Predictor、Polymorph Predictor Interface、 ForcitePlus、 COMPASSゼオライト、アルミノリン酸塩、ポリマー等の微孔構造への分子の吸着予測を行う事ができるソフトウェアパッケージです。吸着等温線(あるいは供給-loading-曲線)やヘンリー定数などの基本的特性を予測する手段を用い、分離現象の解析を行い、さらに分子レベルのプロセスによる吸着特性を合理的に説明することが可能です。
分子構造に関わり無く計算可能なDreiding,Universal力場をご利用頂けるパッケージ。
製品構成
Visualizer、 Sorption、ForciteMS Zeolite COMPASS Package、MS Zeolite Forcite Package双方の力場をご利用頂けるパッケージ。
製品構成
Visualizer、 Sorption、 COMAPSS、 ForcitePlusMS パッケージだけではご研究に少し機能が不足するという方向けのパッケージ群です。
MS Add Onシリーズは他のMS パッケージシリーズと同時にご購入いただくもので、単独での販売は致しておりません。
MM/MDソフトのForcite plusと半経験的MOソフトVAMPがセットになったパッケージ。
製品構成
Forcite plus、 VAMP、VAMP InterfaceMM/MDソフトのForcite plusとバルク構造の再現性の高い力場セットCOMPASSがセットになったパッケージ。
製品構成
Forcite plus、 COMPASSシミュレーション、ドッキングを行うための基本的な構成です。非常に信頼性の高いCHARMmシミュレーションエンジンと組み合わせ、DNAやポリペプチドの構築、タンパク質のシミュレーションの実行とトラジェクトリーの解析、低分子とのドッキングシミュレーションを行うことができます。2D描画ツールもバンドルされています。
DS Standard Baseパッケージには、下記のモジュールが含まれます。
ビジュアライゼーションユーザインターフェース
生体高分子モデリング
分子動力学計算
Merck Molecular力場を使用したエネルギー計算
トラジェクトリファイルの解析、可視化
タンパク質構造のループ領域を最適化
化合物の予測フィット値あるいは活性値を算出
リガンドのコンフォメーション発生
2D描画ツール
ファーマコフォア(薬理活性集団)モデリングおよび3Dデータベース解析として、既知の活性リガンドからファーマコフォアモデルを作成し、数十万~数百万件の化合物DB から検索が可能。毒性予測や構造活性相関モデルの構築ができます。
DS Standard Baseに加え、下記のモジュールをパッケージ。
ファーマコフォアモデルの検索に利用する3D 化合物データベース構築
ファーマコフォアモデルの指定された3D 形状、部分構造を含むクエリなどを用いてデータベース検索
定性的または定量的なファーマコフォアモデルを自動的に作成し、ターゲットの化学的、構造的特性を識別
タンパク質活性部位の構造よりファーマコフォアモデルを作成
受容体の活性サイトによる三次元の空間的制約を満たす化合物を導く、データベース検索より同様の形状をもつ分子を具体的な化学構造に関係なく特定
ファーマコフォアを使いフラグメントの配置を導き出し、タンパク質の活性サイトを補完
化学ライブラリ設計に特化した、類似性と多様性とを兼ね備えた完全なクラスタリング手法を備えたツール
活性と相関関係にある多数の分子記述子にアクセスし、ベイジアンモデル、重回帰、GFA などのモデリングを利用
体内における吸収、分布、代謝、排出、および毒性等の薬物体内動態を予測
化合物の構造情報のみから毒性および環境への影響を予測
タンパク質と低分子化合物とのドッキングにご利用を頂けます。
DS Standard Baseに加え、下記のモジュールをパッケージ。
ファーマコフォアモデルの検索に利用する3D 化合物データベース構築
ファーマコフォアモデルの指定された3D 形状、部分構造を含むクエリなどを用いてデータベース検索
定性的または定量的なファーマコフォアモデルを自動的に作成し、ターゲットの化学的、構造的特性を識別
タンパク質活性部位の構造よりファーマコフォアモデルを作成
受容体の活性サイトによる三次元の空間的制約を満たす化合物を導く、データベース検索より同様の形状をもつ分子を具体的な化学構造に関係なく特定
DNA、RNA、炭水化物、脂質、タンパク質、ペプチド、低分子などの高精度パラメータ
フラグメントを連結させたり構築したりすることにより新薬になりうる分子を作成
ファーマコフォアを使いフラグメントの配置を導き出し、タンパク質の活性サイトを補完
活性サイト内の側鎖の低エネルギーコンフォメーションの影響を考慮したドッキング
受容体の結合サイトの極性/ 無極性(ホットスポット)を使用する効率のよいドッキング
結合部位の自動検索、リガンドの高速ドッキング
様々な物性値を含むリガンドスコアを算出
結合部位の構造を基にしたリガンドのDe Novoデザイン
Multiple Copy Simultaneous Search アルゴリズム。結合領域で相互作用を持つ官能基の位置と方向を生成
ホモロジーモデリングを行うためのモジュール群を装備してます。BLAST によるテンプレートファイルの検索から自動ホモロジーモデリング、作成された構造の評価を行うことができます。
X 結晶データから分子構造モデルを作成し、CNX/CNS 形式(.map) で結晶構造の電子密度マップを作成します。
DS Standard Baseに加え、下記のモジュールをパッケージ。
自動ホモロジーモデリング、ループのモデリング、アミノ酸配列の構造に対するアライメントを行う
ZDOCK アルゴリズムを用いたタンパク-タンパクドッキング
進化系統樹を用いたタンパクの機能解析
Profiles-3D を使用したタンパク質構造の評価
ターゲットシーケンスの類似タンパク質データベース検索
X 線データからの分子構造モデル、CNX を利用した電子密度マップの作成
標的分子と創薬候補タンパク質の相互作用解析や試薬情報検索など、薬物分子設計に必要な研究の効率化にお役立ていただけるソフトウェアと、研究データや合成実験の計画~結果の共有・長期保存・改ざん防止を可能にする電子実験ノート、分子モデリング・シミュレーションソフトをパッケージして、お得な価格でご提供いたします。
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