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Conformers

分子のポテンシャルエネルギー表面を簡単に探索

コンフォメーション探索は分子特性―構造間の関係を調べる際の重要な応用技術の一つです。 強力な解析機能との連携により、分子のコンフォメーション空間に関する貴重な情報を提供し、低エネルギーコンフォメーションの同定を支援します。

Conformersはコンフォメーション空間の網羅的な探索データを集め、分析する手法を提供します。単純なものから複雑な系まで、種々の系のコンフォメーション解析への応用が可能です。また、QSARにおける3D構造に依存する記述子の平均値をとる方法としても活用できます。

Conformerの活用分野

Conformersは分子のポテンシャルエネルギー表面を探索する簡単な手法を提供するために開発されました。小さな分子でさえポテンシャルエネルギー表面は非常に複雑なものとなり得ます。Conformersでは特定のねじれ角を変化させることができ、ポテンシャルエネルギー表面の重要な領域にのみ焦点を当てた解析が行えます。ねじれ角をサンプリングする方法として下記の3手法があります。

  • 系統的グリッド探索:ねじれ角を設定した値ずつ系統的に変化させます。これにより、いくつかの重要なねじれ角に関するエネルギーマップを作成することができます。
  • ランダムサンプリング:特定ねじれ角を確率論的に変え探索。複数のねじれ角に関係した低エネルギーコンフォーマーの探索に使います。
  • Boltzmannジャンプ:Metropolis基準に基づき、特定のコンフォーマーでのランダム変化による確率論的探索を。複数の調査対象のねじれ角があるときに適用します。

Conformersは分子の種々のコンフォメーションを発生させる機能の他、発生コンフォーマーの特性解析のためのツール群を備えています。解析ツールにより、双極子モーメントなどの分子特性を予測したり、 デカルト座標のRMS差に基づくクラスター分割をすることができます。/p>

デザイナ画面
系統的グリッドサーチにより発生させた構造を重ね合わせて表示。
コンフォメーション空間を示す。

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Conformersの導入効果

Conformersは、分子の多数のコンフォメーションを素早く、簡単にサンプリングする方法を提供します。これにより、物性の予測時に重要なエネルギー最小構造の決定ができ、簡単な構造-物性相関の解析や分子物性への洞察を得ることができます。

Conformres の機能

Conformersは、分子の多数のコンフォメーションを素早く、簡単にサンプリングする方法を提供します。これにより、物性の予測時に重要なエネルギー最小構造の決定ができ、簡単な構造-物性相関の解析や分子物性への洞察を得ることができます。

Conformer発生

分子中の回転可能なねじれ角の自動検出
選択したねじれ角周りの系統的スキャン
ねじれ角のランダムサンプリング
ねじれ角のBoltsmann Jamp サンプリング
閉環機能(ring closure)による環配座の探索
軌跡(trajectory)データ、スタディテーブルへの出力
分散性保持のためのフィルター機能
コンフォーマーの構造最適化機能


エネルギー表現の自動セットアップ機能

Universal,Dreiding,COMPASS,pcff,cvff力場の選択
選択したねじれ角周りの系統的スキャン
現状電荷、あるいはGasteiger またはQEq法電荷の使用


解析機能

デカルト座標のRMS によるクラスタリング
デカルト座標またはねじれ角のRMS差の計算
構造-物性相関解析のための双極子モーメント、慣性半径の計算
力場の比較のための、特定力場でのトータルエネルギー計算
構造の最適化
コンフォーマー中の特定原子群の動径分布関数差の計算


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