Pipeline Pilot の Next Generation Sequencing (NGS) Collection を使用すると、Illumina、SOLiD、454 などの次世代シーケンサによって生成される膨大なデータから迅速なデータの品質評価や分析を行うことができます。NGS コンポーネントとサンプル プロトコルを使用して、de novo シーケンシング、リファレンスのゲノムや配列へのマッピング、多型の検出など、一般的なワークフローを実行できます。NGS Component Collection は、base-space と color-space のミスマッチ検出をサポートしています。
Pipeline Pilot コンポーネントのデータリーダーやライターは、SAM、BAM、GFF3、FASTQ などの一般的な形式に対応しています。これによりオープンソース・プログラムの統合を可能にし、急速に進化するハードウェアやソフトウェアに即時対応できるように配慮されています。また NGS Component Collection は、Pipeline Pilot 上に構築されているため、既存のデータ パイプラインを損なうことなくサードパーティのアプリケーションを統合し、新しいアルゴリズムを実装できます。
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