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BIOVIA Pipeline Pilot Sequence Analysis

Sequence Analysis Collection は、基本的なバイオインフォマティクス機能と、遺伝子実験をサポートする実用的な配列分析ワークフローを作成するためのアルゴリズムを備えています。180 以上のコンポーネント機能と、業界標準のさまざまな手法を使用して、塩基配列・アミノ酸配列を分析し、アノテーションを付けることができます。

Sequence Analysis Collection によって、次のことを実現できます。
  • 配列データの定型分析の自動化
  • 種を横断して遺伝子やゲノムを比較
  • 独自のアルゴリズムをプロトコルに統合
  • ClustalW または Muscle でアライメントを実行
  • アライメントから隠れマルコフモデル (HMM) を構築
  • BLAST、PSI-BLAST、 MegaBLAST で配列類似性検索を実行
  • siRNA を設計するプロトコルの構築
  • 配列のアノテーション処理
  • NCBI E-Utilities を統合して Entrez にクエリを機械実行
  • BLAST データベースおよび FASTA データベースの作成
  • Mass Spec for Proteomics Collection と組み合わせてクロスオミクス分析を実行
  • Chemistry Collection と組み合わせてケムジェノミックス分析を実行

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