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分子ソフト&インフォマティクス
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DS Protein Refine

タンパク質構造のループ領域を最適化

CHARMmに基づいて、自社で開発したアルゴリズムを用いて、タンパク質構造のループ領域を最適化できます。ループ領域についてエネルギー的に最適化された変異型の構造を複数作成します。さらに、系統的な検索方法とCHARMmのエネルギー極小化に基づいて自社開発されたアルゴリズムを用いて、タンパク質構造の側鎖を最適化します。これらの最適化アルゴリズムのどちらも、初期構造には影響されません。(ab initio的アプローチ)
主鎖構造(Looper)、側鎖構造(ChiRotor)に対して、共に系統的なコンフォメーションサンプリングを実行し、得られたコンフォメーションをCHARMm によりエネルギー的に最適化することで、よりリーズナブルなループ領域の構造最適化を実現できます。DS Protein Refineを利用することにより、元の座標に依存することなく最適な構造を得ることが出来るようになるため、タンパク質立体構造の最適化や側鎖のInduced fitを考慮したドッキングシミュレーション等を精度良く行うことが可能となります。

Protein Refineの活用例

X線構造を初期構造とする分子シミュレーション
  • X線結晶構造における未決定領域の補完
  • 側鎖配向の最適化

ホモロジーモデリングで構築したモデルの精密化
  • ループ構造を再構築および最適化
  • 側鎖配向精密化

In-Silico Structure Based Drug Design
  • 活性部位領域構造のフレキシビリティの考慮
  • フレキシブルドッキングの実行

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